恒温动物的独立起源经历了多次演化事件，它们具备自主调节体温的能力，这使得它们能够适应更为广泛的环境条件。恒温动物通常被认为演化自变温动物，但关于恒温动物起源过程中全基因组变化以及相关基因功能的具体机制仍不明确。本研究以变温动物——暹罗鳄（Crocodylus siamensis）及其最近的恒温动物亲缘种——鸟类为模型，探讨了这一关键问题。我们已完成高质量的暹罗鳄染色体水平基因组组装，基于这一资源，我们重点解答了以下几个科学问题：（1）鳄鱼基因组在进化过程中经历了大规模的染色体融合事件，且丧失了微小染色体（microchromosome）。尽管这些剧烈的染色体变异事件发生，鳄鱼基因组的基本三维空间结构并未受到显著影响。此外，暹罗鳄与其他已发表基因组鳄鱼物种相比，发生了一次额外的染色体融合，且这些近期融合的染色体在空间位置上依然严格遵守“空间共线性”原则。（2）相较于鸟类和哺乳类等恒温动物，爬行类动物的基因组在GC含量上呈现较低的水平差异，这与基因的结构有关。前期研究表明，GC含量与基因组在细胞核内的空间布局及基因的选择性剪接存在紧密联系。我们进一步发现，鸟类相比鳄鱼具有更为丰富的可变剪接形式，这一差异可能与恒温动物在基因功能多样性上的适应性有关。（3）尽管许多爬行类动物，包括鳄鱼，在性别决定上由温度调控，但其感知温度的上游基因和调控机制尚不清楚。为了解决这一问题，我们收集了暹罗鳄性别决定过程中性腺的样本，鉴定出在发育过程中起关键作用的基因。

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